یک مأمور مخفی از A.R.K به یک مرکز محرمانه Raxxon نفوذ کرده است و سعی دارد سه هدف مأموریتی را قبل از فرار完成 کند – اما توسط شکارچیان ژنتیکی Raxxon شکار می شود. بازیکنان می توانند انتخاب کنند که به کدام طرف بپیوندند.

Specter Ops یک بازی علمی-تخیلی و عملیات مخفی با حرکت پنهان است که شبیه به Scotland Yard است. بازیکنان سعی می کنند یک مأمور مرموز را که از طریق یک نقشه خصوصی از حرکت پنهانی خود پیگیری می کند، پیدا کنند و به دام بیاندازند. بازیکنان دیگر کنترل شخصیت های منحصر به فرد را به عهده می گیرند که باید از هوش، توانایی ها و فناوری خود برای کمک به شکار این مأمور مخفی استفاده کنند. آیتم هایی مانند گراناداهای نورانی، اسکنرها و مانند اینها در اختیار این مأمور مخفی قرار دارد.